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Cuando un principal de una corporación S paga dinero en el negocio, existen consecuencias tributarias muy diferentes dependiendo de si el pago se considera un préstamo o se clasifica como una contribución adicional de capital pagado. Los reembolsos de préstamos de la corporación S al principal generalmente no se consideran ingresos para el principal. Sin embargo, si el pago inicial se consideró capital pagado adicional, los pagos posteriores al capital pueden considerarse distribuciones de dividendos o salarios, que luego son gravables al capital e incluso pueden incluir impuestos sobre el trabajo por cuenta propia.

Para que el pago de un principal a una corporación S se trate adecuadamente como un préstamo, el Servicio de Impuestos Internos (Internal Revenue Service, IRS) exige que exista un acuerdo de deuda de buena fe entre la corporación S y el principal. Si no existe tal acuerdo, el IRS puede considerar que el préstamo es un capital adicional pagado. Los elementos de un acuerdo de deuda de buena fe incluyen elementos tales como:

1) Un acuerdo escrito o pagaré entre la corporación S y el principal
2) Una tasa de interés razonable cargada sobre el préstamo
3) Algunos tipo de seguridad para el préstamo
4) Un calendario de amortización del préstamo

El tema principal en esta determinación es un verdadero acuerdo de préstamo que debe establecerse en el que el prestamista, que en este caso también es un principal, tenga todas las protecciones normales de un prestamista externo. Si tales protecciones no existen, los fondos podrían considerarse "en riesgo". Esto es lo mismo que con cualquier otra inversión o contribución en una empresa comercial. Desde la perspectiva de la corporación S, el recibo de los fondos del principal solo debe clasificarse como deuda si existe un acuerdo de deuda real. De lo contrario, los fondos recibidos deberían, por defecto, registrarse como capital pagado adicional.

Dado que las empresas S son entidades de flujo continuo, el impacto tributario del ingreso neto o la pérdida del negocio se reconoce en las declaraciones individuales de impuestos de los principales. Los directores son responsables de rastrear su base de acciones personales y su deuda en el negocio. Las pérdidas de traspaso de la corporación S solo pueden deducirse hasta la cantidad de fondos que posea cada principal. Por el contrario, los ingresos pasados ​​de la corporación S en exceso de la base se consideran ingresos gravables. Aunque la corporación S en sí misma no es responsable de rastrear la base de acciones y la base de la deuda de sus propietarios, aún debe delinear claramente las contribuciones de capital de los préstamos para que los estados financieros de fin de año sean correctos.Cualquier error en los estados financieros de la corporación S podría causar que los K-1 emitidos a los propietarios de acciones sean incorrectos. También es de vital importancia que exista una comunicación clara entre la administración de la corporación S y el principal contribuyente o prestatario de dinero a la corporación.