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En las etapas iniciales de una integración vertical, existen costos legales y administrativos inevitables a medida que las dos compañías se convierten en filiales económicas. Este proceso tiende a ser complejo y lento. Los costos legales pueden ser altos si la integración vertical es el resultado de una fusión (en lugar de una integración interna), y está sujeta a un desafío legal en el ámbito de las leyes antimonopolio. Tales desafíos legales pueden resultar en procesos judiciales largos; tres casos de integración vertical han llegado a la Corte Suprema de los Estados Unidos.

Después de una integración vertical, generalmente hay un aumento en los costos burocráticos. Si bien los costos de transacción generalmente disminuyen luego de una integración vertical, generalmente ocurre que los costos gerenciales y administrativos aumentan como resultado de la incorporación de los miembros del personal existentes y la administración de todas las transacciones entre los dos afiliados económicos integrantes. No es raro que los sistemas de administración y administración de las dos compañías se vuelvan inflados e ineficientes después de una integración vertical, que puede ser costosa. Además, la reestructuración de los sistemas de administración y administración para acomodar el nuevo estado de cosas de manera más eficiente también puede resultar en costos adicionales acumulados por la compañía.

Los problemas de equilibrio de capacidad pueden significar costos adicionales para una empresa después de una integración vertical. Este es el caso si las operaciones posteriores (por ejemplo, la producción de materias primas o los procesos de ensamblaje en fábrica) están produciendo más en el producto de lo que requieren las operaciones ascendentes (es decir, la distribución). En tal caso, la compañía puede necesitar invertir más dinero en las operaciones de upstream para garantizar que siempre haya suficiente demanda para acomodar el suministro de las operaciones downstream. Este es el caso más típico si las dos compañías anteriormente solo se trataban entre sí de manera poco frecuente antes de la integración vertical. Es por eso que se aconseja que las empresas solo se integren verticalmente entre sí si sus negocios son regulares y frecuentes.

Una de las principales ventajas de lograr una integración vertical de dos compañías es reducir los costos de transacción en la cadena de suministro. Sin embargo, bajo ciertas circunstancias, una integración vertical puede tener exactamente el efecto opuesto. Si el nivel de competencia se reduce en gran medida después de una integración vertical, entonces es más probable que los costos de las transacciones realmente aumenten dentro de la empresa integrada verticalmente. Esto podría resultar en un aumento a largo plazo en los costos para la compañía.

Finalmente, si por alguna razón la integración vertical no es exitosa, por ejemplo, si una de las compañías falla, o si el producto suministrado por las operaciones posteriores se vuelve superfluo debido a las innovaciones modernas, entonces la desintegración también es un proceso largo y costoso. procedimiento que también involucra procesos legales y administrativos.